פרופ' רפאלי החלה דרכה בסורוקה לפני כ- 14 שנים כמנהלת היחידה לניתוחי חזה לאחר שהשלימה תכנית התמחות במרכז הרפואי שיבא ותוכנית השתלמות עמיתים בתחום ניתוחי חזה אונקולוגיים בארצות הברית, ושימשה כרופאה בכירה במחלקות לניתוחי חזה ולב במרכזים הרפואיים שיבא ובלינסון.
 
פרופ' רפאלי הקימה את היחידה לניתוחי חזה בסורוקה עד לביסוסה כאחת היחידות המובילות בישראל. היא בעלת ניסיון קליני, הוראתי, מחקרי וניהול רב ושימשה למשך מספר שנים כיו"ר החברה הישראלית לניתוחי חזה, סגנית דיקן הפקולטה למדעי הבריאות ומנהלת בית הספר לרפואה באוניברסיטת בן גוריון.
 
פרופ' יעל רפאלי מחליפה את פרופ' ג'ילברט סבג שסיים את תפקידו כיו"ר החטיבה הכירורגית וכמנהל המחלקה לכירורגיה ב' וימשיך לתפקד כממונה על שעת חירום של בית החולים.
 
 
פרופ' יעל רפאלי, יו"ר החטיבה לכירורגיה בסורוקה: " כמרכז שלישוני מהגדולים בעולם ומתוך אחריות ומחוייבות להעניק מעטפת מקצועית לאוכלוסיה באזורנו ולכלל חיילי ואזרחי המדינה אמשיך לפעול להטעמת תהליכים לקידום האיכות הרפואית, הכנסת טכנולוגיות חדשניות וכמובן לקדם את המחקר והחינוך הרפואי בחטיבה. נמשיך לפעול בשיתוף מלא עם כלל המחלקות והיחידות בבית החולים למען מטופלנו".